Kognitiivisessa psykoterapiassa tutkitaan yhdessä asiakkaan hankalaa ja ongelmallista tilannetta ja autetaan asiakasta itse oivaltamaan ja ymmärtämään omia kokemuksiaan ja käyttäytymistään näissä tilanteissa. Terapian tavoitteena on siten löytää keinoja näiden ongelmien ja vaikeuksien muuttamiseen, niin että muutokset toteutuvat myös käytännössä, asiakkaan arjessa, niin että hän voi paremmin. Kognitiivinen psykoterapia on yhteistyötä, jossa asiakas ja terapeutti työskentelevät yhdessä ennalta määriteltyjen tavoitteiden eteen. Terapeutti erityisesti kyselemällä ja yhdessä harjoitellen auttaa asiakasta löytämään joustavampia ja rakentavampia toimintatapoja. Terapian lähtökohtana on aina asiakkaan henkilökohtainen kokemusmaailma.
Kognitiivisessa terapiassa keskeisiä työskentelyn kohteita ovat haittaa tuottavat ajatukset ja varhain syntyneet uskomukset. Näihin liittyvät hankalat tunteet ja näiden tunnistaminen, hyväksyminen ja säätely ovat osa työskentelyä. Niin kognitiivisen kuin psykofyysisen (kts alla) psykoterapian perusajatuksena on, että ajatukset, tunteet ja kehon tuntemukset liittyvät toisiinsa ja vaikuttavat toisiinsa. Ymmärtämällä tätä yhteistoimintaa ja muokkaamalla ajatuksia joustavampaan suuntaan saadaan aikaan muutosta myös tunnekokemuksessa ja kehon reaktioissa. Myös kehon kautta voidaan vaikuttaa tunteisiin ja ajatuksiin.
Vuorovaikutustilanteessa tulevat moni reagointi-, toiminta- ja ajatusmalli näkyväksi. Näiden tarkastelu on oleellinen osa muutoksiin johtavaa harjoittelua. Terapiassa myös kokeillaan ja harjoitellaan uudenlaisia toimintatapoja ja käyttäytymistä ihan konkreettisestikin. Kognitiivisessa psykoterapiassa hyödynnetään esimerkiksi altistusta ja rikotaan syntyneitä mielen kytköksiä haitallisiin toimintoihin, pakko-oireisiin. Näitä ovat esimerkiksi tarkistamiset ja varmistelut, nyppiminen, fobiat ja välttely tai peseytymisen pakko.